全館空調を導入するデメリットとして、お金がかかるということがあります。全館空調にすると乾燥しやすくなりがちで、冬季には加湿器が必要になります。すでに導入済みであれば問題ありませんが、無ければ新たに購入する必要が出てきます。睡眠中に関しても、口呼吸の場合には、喉がひりつきなかなか寝付けなくなる場合あるのです。改善策として、睡眠中にマスクを着用することがあげられるため、マスク代も人によっては必要になります。また電気代がかかるというデメリットもあります。全館空調は暖める方が冷やすよりもコストがかかりがちなため、寒い地方に住んでいると、冬場には全館空調を導入する場合よりも、電気代がかさむのです。メンテナンス費用も忘れてはいけません。年に1度、毎月の電気代に加えてメンテナンス費用を払う必要があります。さらにこのタイミングで、消耗品のフィルター購入を行う場合もあるため、フィルターの代金も毎年払わなくてはなりません。